ปี พ.ศ.2547 รัฐบาลมีนโยบาย ให้ กระทรวงศึกษาธิการ จัดการศึกษา โดยให้ร่วมกันระหว่าง กรมสามัญศึกษา กับสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติ เป็นสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ และเปลี่ยนชื่อจากเดิมเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ในจังหวัดอุทัยธานี มีการจัดการศึกษาแห่งเดียว คือ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาอุทัยธานี ต่อมา ปี 2551 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานแบ่ง สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาอุทัยธานีเป็น 2 เขต คือ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาอุทัยธานี เขต 1 ตั้งอยู่อำเภอเมืองอุทัยธานี จังหวัดอุทัยธานี และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาอุทัยธานี เขต 2 ตั้งอยู่ที่อำเภอหนองฉาง จังหวัดอุทัยธานี

เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2551 กระทรวงศึกษาธิการได้ออกประกาศ เรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา และกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ. 2551 ซึ่งประกาศดังกล่าว ได้ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ เดือน พ.ศ. และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 ทั้งนี้เพื่อให้มีความสอดคล้องกับแนวทางการบริหาร และจัดการศึกษาให้มีประสิทธิภาพ ส่งเสริมคุณภาพการศึกษา และยกระดับผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนของผู้เรียนให้ได้ตามมาตรฐานการศึกษา จึงได้มีการปรับปรุงการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาที่กำหนดไว้เดิม ตั้งแต่วันที่ 7 กรกฎาคม 2546 จำนวน 175 เขตพื้นที่การศึกษา และในปี พ.ศ. 2550 กำหนดเพิ่มอีก 3 เขตพื้นที่การศึกษา เป็นเขตเฉพาะกิจในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้แก่ จังหวัดยะลา ปัตตานี และนราธิวาส ในครั้งนี้กำหนดเพิ่มขึ้นอีก 7 เขตพื้นที่การศึกษาในจังหวัดกาญจนบุรี เชียงใหม่ ปราจีนบุรี มหาสารคาม เลย พัทลุง และอุทัยธานี จังหวัดละ 1 เขตพื้นที่การศึกษา รวมเป็นทั้งประเทศในขณะนี้มีทั้งหมด 185 เขตพื้นที่การศึกษา

ฉะนั้น จังหวัดอุทัยธานี จึงแบ่งออกเป็น 2 เขตพื้นที่การศึกษา ได้แก่ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุทัยธานี เขต 1 ประกอบด้วยท้องที่อำเภอเมืองอุทัยธานี อำเภอหนองขาหย่าง อำเภอทัพทัน และอำเภอสว่างอารมณ์ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาอุทัยธานี เขต 2 ประกอบด้วยท้องที่อำเภอหนองฉาง อำเภอลานสัก อำเภอห้วยคต และอำเภอบ้านไร่

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาอุทัยธานี เขต 1 เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ มีภารกิจหลักในการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน ซึ่งเป็นบริการที่ต้องจัดให้ประชากรวัยเรียนในเขตพื้นที่จังหวัดอุทัยธานี ได้มีสิทธิและโอกาสอย่างเสมอภาค ทั่วถึงและมีคุณภาพ การดำเนินงานตามภารกิจที่สำคัญคือ มุ่งเน้นให้ได้ผลลัพธ์ตามนโยบายปฏิรูปการศึกษาของรัฐบาลเพื่อบรรลุวัตถุประสงค์ตามตัวชี้วัดปลายทาง เป้าหมายและตามมาตรฐานที่สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานกำหนด รวมทั้งให้บรรลุวัตถุประสงค์ตามเจตนารมณ์ของพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับ ที่ 2) พ.ศ.2545 และแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับ ที่ 10 (พ.ศ. 2550-2545) จึงต้องมีการวางแผนอย่างเป็นระบบ และมีประสิทธิภาพในอันที่จะพัฒนาคุณภาพการศึกษา เพื่อมุ่งสร้างสรรค์สังคมมนุษย์ที่สมบูรณ์ ทั้งทางร่างกาย จิตใจ สติปัญญา ให้เป็นคนดี คนเก่ง อยู่ร่วมกับสังคมได้อย่างสันติสุข มีความสมานฉันท์ สามัคคีต่อชาติ ศาสนา และ พระมหากษัตริย์